При эксплуатации электроионитовых опреснительных установок следует осуществлять ежегодную замену приэлектродных мембран (по 2 шт. со стороны катода и анода), а также осуществлять периодическую замену непригодных для дальнейшего использования ионитовых мембран (через каждьк\2-3 года). При эксплуатации электродиализных установок следует учитывать, что электродиализные аппараты и ионитовые мембраны довольно чувствительны к действию температуры.
При понижении температуры производительность уменьшается, а при замерзании растворов может произойти разрыв мембран, корпусных рамок и коммуникаций. Предел термостойкости мембран составляет 45-50 °С. При высыхании линейные размеры мембран уменьшаются, что может привести к их разрыву, поэтому бездействующий аппарат не должен быть сухим.