В связи с этим опресненная электродиализом вода должна подвергаться обязательному обеззараживанию одним из известных методов. В процессе электродиализа в рассольных и прикатодных камерах может отлагаться осадок труднорастворимых солей, что приводит к снижению производительности установок и эффективности опреснения воды.
Для борьбы с этими отложениями на электродиализных установках должны быть предусмотрены и строго соблюдаться необходимый в каждом конкретном случае режим подкисления раствора и периодическая переполюсовка (изменение полярности) электродов. В связи с возможностью особенно интенсивного вымывания в опресненную воду из ионитовых мембран органических веществ, в начальный период эксплуатации перед подачей опресненной воды населению в течение не менее двух суток должна проводиться промывка установки (работа вхолостую), выведенной на рабочий технологический режим.