В связи с этим опресненная электродиализом вода должна подвергаться обязательному обеззараживанию одним из известных методов. В процессе электродиализа в рассольных и прикатодных камерах может отлагаться осадок труднорастворимых солей, что приводит к снижению производительности установок и эффективности опреснения воды.

Для борьбы с этими отложениями на электродиализных установках должны быть предусмотрены и строго соблюдаться необходимый в каждом конкретном случае режим подкисления раствора и периодическая переполюсовка (изменение полярности) электродов. В связи с возможностью особенно интенсивного вымывания в опресненную воду из ионитовых мембран органических веществ, в начальный период эксплуатации перед подачей опресненной воды населению в течение не менее двух суток должна проводиться промывка установки (работа вхолостую), выведенной на рабочий технологический режим.

Промывка установки необходима также после длительного перерыва в ее работе. Ввиду накопления в мембранах многовалентных ионов (Fe, Mn) регенерацию катионитовых мембран рекомендуется проводить механическим удалением осадка с их поверхности и вымачиванием их в течение суток в 2-5 %-ной соляной или 2%-ной серной кислоте.