Механизм влияния магнитного поля на воду и ее примеси до настоящего времени окончательно не выяснен. В литературе опубликованы разнообразные и противоречивые точки зрения на природу эффектов магнитной обработки. Одни авторы считают, что магнитное поле действует на ионы солей, которые подвергаются поляризации и деформации.

Другие полагают, что под влиянием магнитного поля изменяется структура воды и, как следствие, — ее физические и химические свойства. Распространено также мнение о воздействии магнитного поля на коллоидные частицы примесей. При воздействии магнитного поля на воду могут наблюдаться следующие эффекты: коагуляция и флокуляция частиц дисперсной фазы (преимущественно магнитных); усиление адсорбции; повышение растворимости веществ и др. Характерной особенностью большинства из перечисленных эффектов является их невоспроизводимость: эффекты, обнаруженные одними автоторами, при повторении другими дают качественно и количественно иные результат у. Причиной этого, по мнению академика А. П. Александрова [7], могут быть некорректно поставленные опыты, излишнее рекламирование "эффектов" и др.