Опресненная вода должна подвергаться обязательной доочистке на фильтрах БАУ независимо от типа установки и состава исходной воды. Целесообразность применения фильтров БАУ связана не только с использованием их в качестве надежных дезодораторов, но и для частичной задержки комплекса непахучих, аналитически не всегда определяющихся органических веществ, которые могут присутствовать в исходной воде или вымываться из применяемых полимеров.

Максимальный уровень минерализации опресненной воды (до 1 г/л) и содержание основных солевых компонентов (сульфатов, хлоридов и др.) также должны соответствовать действующему стандарту на качество питьевой воды. В связи с этим при опреснении электродиализом малокарбонизированных вод в целях улучшения полноценности и вкусовых свойств опресненной воды может возникнуть необходимость в коррекции ее солевого состава. По микробиологическим показателям качество опресненной воды существенно не изменяется по сравнению с исходной. Однако даже при удовлетворительном качестве исходной воды (в бактериальном отношении) в процессе эксплуатации электродиализных установок могут создаваться условия, приводящие к дополнительному микробному загрязнению опресненной воды.