Конструкции электродиализаторов с профилированными мембранами отличаются простотой сборки, связанной с отсутствием прокладок, имеют малое межмембранное расстояние, в результате чего достигается уменьшение удельных энергозатрат. К недостаткам профилированных мембран относится их коробление при набухании. Кроме того, при их производстве возникают технологические трудности, связанные с большой точностью изготовления основного технологического оборудования (пресс-форм, прокатных станков).

В последние годы большое внимание уделяется злектродиализу с использованием в качестве прокладок гранулированных ионито- или ионообменных волокон. Достоинством электродиализных аппаратов с ионообменной насадкой является возможность получения глубокообессоленной воды, а также удаление коллоидных частиц и микроорганизмов. Последнее объясняется электростатическим взаимодействием поляризованных коллоидных частиц с противоположно заряженной поверхностью ионита и их диполофоретическим удерживанием между зернами, где наблюдается увеличение напряжённости электрического поля. При выключении электрического поля коллоидные частицы вымываются потоком воды.

Срок службы электродиализатора с ионообменной насадкой ограничивается "отравлением" ионитов, которое может происходить в результате их естественного старения и сорбции различных отравляющих веществ, присутствующих в обрабатываемой воде или являющихся продуктами деструкции ионообменных материалов и жизнедеятельности микроорганизмов, обитаемых на ионитах.