Учитывая то, что в процессе опреснения задерживается примерно до 40 % бора и 50-60 % брома, допустимые концентрации их в исходной воде не должны превышать соответственно 0,75 и 0,5 мг/л (при исходной минерализации до 6-7 г/л). В связи с тем что содержание фтора в опресненной воде снижается на 40-60 % при исходной концентрации ниже 1-1,2 мг/л, может возникнуть необходимость в дополнительном фторировании опресненной воды. Производительность электродиализных установок и эффективность опреснения в значительной мере зависят от солевого состава исходной воды. Наиболее эффективно происходит опреснение хлоридных вод, значительно труднее опресняются воды сульфатного типа, в связи с чем производительность установки уменьшается.

Содержание сульфата кальция (от общего солесодержания) не должно быть более 50 %. Если качество исходной воды не соответствует вышеперечисленным требованиям, перед опреснением она подвергается специальной обработке (осветлению, обесцвечиванию, обезжелезиванию и др.). При высокой жесткости воды (свыше 30-40 мэкв/л) желательно проведение частичного ее умягчения.